SMPN 13 Kota Bima memastikan bahwa seluruh siswa mendapatkan perhatian dalam hal pengembangan karakter dan spiritualitas, termasuk siswa non-Muslim. Saat kegiatan shalat dzuhur berjamaah berlangsung di sekolah, siswa non-Muslim diberikan pembinaan khusus oleh pihak gereja. Program ini dilaksanakan secara terpisah dengan dukungan penuh dari pihak sekolah dan gereja, guna membantu siswa non-Muslim dalam memperdalam nilai-nilai agama yang mereka anut, sehingga tetap sejalan dengan tujuan pembentukan karakter religius di lingkungan sekolah.

Kegiatan pembinaan ini diisi dengan berbagai aktivitas, seperti pendalaman ajaran agama, pembacaan kitab suci, dan diskusi tentang nilai-nilai moral yang dapat diterapkan dalam kehidupan sehari-hari. Program ini bertujuan untuk menciptakan lingkungan sekolah yang inklusif dan harmonis, di mana setiap siswa, baik yang Muslim maupun non-Muslim, mendapatkan kesempatan yang sama untuk mengembangkan nilai-nilai keagamaan dan karakter positif sesuai keyakinan masing-masing.